De fleste af de åbenlyse anatomiske homologier er mellem anatomiske strukturer, som er i aktiv brug af den pågældende art, men nogle anatomiske homologier involverer strukturer, som ikke længere er nødvendige, men som heller ikke helt er forsvundet. Et vestigialt organ eller struktur er et organ eller struktur, der findes i en art, der ikke bruges som i andre arter. I modsætning til hvad man tror, er vestigiale organer og vestigiale strukturer ikke nødvendigvis ubrugelige eller funktionsløse.
Vestigial betyder ikke ubrugelig eller ikke-funktionel, fordi det er vanskeligt, hvis ikke umuligt, at bevise, at en bestemt struktur er funktionsløs. Det er muligt, at nogle vestigiale organer er funktionsløse, men forskere og biologer antager det ikke så dogmatisk. Alt, hvad der er nødvendigt for, at et organ eller en struktur kan betegnes som "vestigial", er, at der er homologier i andre arter, hvor brugen eller funktionen er klar, men den samme anvendelse eller funktion er ikke tilfældet for den pågældende art. Brugen kan være underlig, eller den kan simpelthen ikke identificeres endnu.
En hval af en bækkenben
Et eksempel på en sådan struktur er hvalens bækken. Alle tetrapods (inklusive hvaler) har bækkenben. Hos de fleste dyr er bækkenbenene nødvendige for at kunne bevæge det nedre eller bageste sæt af lemmer med henblik på bevægelse. I nogle arter, såsom hvaler, findes disse lemmer ikke for det meste selvom rester af dem muligvis forbliver.
På trods af denne mangel på behov for dem har hvaler stadig bækkenben. De er ret små sammenlignet med deres kolleger i andre dyr, men de findes. Måske tjener de en funktion som f.eks. At hjælpe med at støtte hvalens reproduktive anatomi, men der er mange forskellige typer strukturer, der ville være bedre egnet til en sådan opgave.
Spørgsmålet er, hvorfor skulle en hval, der mangler underekstremiteter og ikke har brug for bækkenben til at bevæge sig, have bækkenben, der er homologe til væsener, der har brug for bækkenben for at bevæge sig? Tilsvarende homologier findes for slanger og benløse firben. Igen er den eneste forklaring, der giver mening, hvis disse skabninger udviklede sig fra en fælles stamfar sammen med alle de andre tetrapoder.
Human Appendix
Et andet almindeligt (og ofte misforstået) eksempel er appendiks. Hos mennesker har tillægget kun en lille tilsyneladende funktion, selvom det nu ser ud til, at det kan gemme nogle immunceller. Imidlertid har det analoge organ i mange andre arter en åbenlyst funktion. Desuden kan den menneskelige appendiks være positivt ugunstig i den forstand, at det er udsat for grimme infektioner, der kan være dødelige.
Tillægget er et vestigialt organ, fordi det ikke tjener en funktion som de homologe organer i andre dyr, selvom det muligvis tjener en funktion hos mennesker. Så spørgsmålet bliver, hvorfor har mennesker et appendiks? (Eller hvorfor fungerer den menneskelige appendiks ikke som det homologe organ i andre dyr?) Evolution, ideen om, at vi alle har fælles forfædre, giver et meningsfuldt svar. Kreationisme gør det ikke.
